Drugi etap korekcji stanowi operacja hemi-Fontan lub operacja Glenna.

W wielu publikacjach podaje się, że operację tę wykonuje się w wielu 4-6 miesięcy ale nie jest to powszechne. Dzieci operowane są z powodzeniem i w wieku8-9 miesięcy a także później. To sprawa indywidualna i właściwy termin powinien określić lekarz kardiolog  prowadzący dziecko. Ważne jest, aby nie dopuścić do pogorszenia stanu dziecka przed operacją.

Operacja hemi-Fontana polega na zespoleniu pnia płucnego i prawej tętnicy płucnej z żyłą główną oraz górną częścią prawego przedsionka. Żyła główna górna jest przecinana a następnie od góry i dołu łączona z tętnicą płucną. Miejsce zespolenia oddziela się od przedsionka poprzeczną łatą wszywaną do prawego przedsionka. Łata ta jest w czasie następnej operacji (III etap – Fontana) usuwana. Sztuczne naczynie czyli shunt (doszyte przy I etapie) nie jest już potrzebne i jest usuwane.

Alternatywą dla operacji hemi-Fontana jest dwukierunkowe zespolenie Glenna.Tu żyła główna górna jest odcinana od serca i łączona z tętnicą płucną. Dawne połączenie tej żyły z sercem jest całkowicie zamykane. Sztuczne naczynie, czyli shunt nie jest już potrzebne i jest usuwane.

Wybór metody operacyjnej zależy często od ośrodka, w którym dziecko jest operowane.   Nie można jednoznacznie powiedzieć, że któraś metoda jest lepsza a któraś gorsza. Wybór zależy od kardiochirurga operującego dziecko.

Hemi-Fontana jest korzystniejsza na przykład ze względu na możliwość plastyki tętnic płucnych, plastyki zastawki trójdzielnej czy też powiększenia komunikacji międzyprzedsionkowej.  Niewątpliwie dodatkową zaletą tej opcji jest również ułatwienie i skrócenie ostatniego etapu korekcji wady.

Drugi etap operacji odciążył trochę prawą komorę serca. Teraz krew z górnej części ciała płynie już  bez udziału prawej komory bezpośrednio do płuc. Przez płuca nie płynie już krew mieszana ! Natomiast w sercu nadal odbywa się mieszanie krwi z żyły głównej dolnej z utlenowaną krwią powracającą z płuc.